地球温暖化の原因となる二酸化炭素（CO2）の排出枠を売買する「国内クレジット制度」を利用し､環境問題へも真剣に取り組んでいます｡
従来は重油を使用していた木材乾燥機の燃料を製材の過程で出る樹皮（産業廃棄物）を活用する木質バイオマスボイラーに切り替えた結果、導入直後の平成22年6月にはA重油が90.4kl 削減できるとともに、国内クレジット認証委員会から322tのCO2削減実績が認証されました。
※国内クレジット制度＝京都議定書目標達成計画（平成20年3月28日閣議決定）において規定されている、大企業等の技術・資金等を提供して中小企業等が行った二酸化炭素の排出抑制のための取組による排出削減量を認証し、自主行動計画等の目標達成のために活用する制度。

二酸化炭素削減証明書この第三者検証により、牧野木材工業で造られた柱で家を建てればCO2を削減したことになり、地球温暖化防止に寄与することになります（施工主等に二酸化炭素［CO2］削減証明書が発行されます）。

さらに、違法伐採の木材は取り扱わない「合法性の証明に係わる事業者認定」を受けております。